Després de ser elegit a les urnes com a successor de Núñez, el nou president del Club, Joan Gaspart, el va confirmar oficialment com a director tècnic i entrenador blaugrana. Serra Ferrer ja formava part de l’equip tècnic de l’Entitat des del mes de juliol del 1997, quan va deixar la banqueta del Betis per fer-se càrrec del futbol base del Barça. El tècnic mallorquí va iniciar la seva trajectòria com a entrenador al Poblenc, on va estar cinc temporades.
Posteriorment va dirigir el filial del Mallorca, i la campanya 1985/86 va passar a entrenar el primer equip, amb el qual va aconseguir dos ascensos a Primera Divisió. La temporada 1993/94 va fitxar pel Betis, i aquell mateix any va portar el conjunt andalús a la màxima categoria del futbol espanyol. La campanya següent el Betis va acabar la Lliga en tercera posició i va aconseguir una plaça per a la Copa de la UEFA, i la temporada 1996/97 va jugar la final de Copa davant del Barça. Aquesta brillant trajectòria a la banqueta bètica li va permetre ingressar al nostre club, on després de tres anys com a màxim responsable del planter va passar a dirigir el primer equip.
En la seva etapa com a tècnic l’equip va ser eliminat a la primera lligueta de la Lliga de Campions i va passar a disputar la Copa UEFA, en què el Liverpool va impedir la classificació per a la final. El 23 d’abril de l’any 2001, després de perdre un partit de Lliga contra l’Osasuna, va ser substituït per Carles Rexach i va tornar a l’equip tècnic del Club. Un any més tard Serra Ferrer va desvincular-se definitivament de la nostra entitat.
