Aviat es va convertir en una de les peces bàsiques del Barça B i, el 6 d'octubre de 2001, per fi va complir el somni de debutar amb el primer equip. Sota les ordres de Carles Rexach, va saltar al terreny de joc en un partit de Lliga a Riazor davant del Deportivo de La Coruña. Després de quatre temporades al Barça, una d’elles cedit a l’Albacete, va fitxar pel Mallorca.

Va ingressar a les categories inferiors del FC Barcelona l'1 de juliol de 1993 procedent del Club de Futbol Trajana, equip en què militava des de 1987. Després del seu pas pel filial, en la temporada del seu debut amb el primer equip, la 2001-2002, Fernando Navarro acabaria jugant tres partits de Lliga i el de Copa del Rei contra el Figueres. En el curs següent, el 2002-2003, es va guanyar el lloc de titular en el lateral esquerra del primer equip. Malauradament, va caure lesionat de gravetat en un partit de Lliga davant el Sevilla, al Camp Nou, el 15 de desembre de 2002. Fins aleshores havia disputat un total de 30 partits en aquella temporada. A partir d'aquell moment, la recuperació del seu genoll va ser l'única obsessió d'aquest jove defensa. Després de gairebé un any allunyat dels terrenys de joc, va reaparèixer en un amistós disputat a Porto el 16 de novembre del 2003. El gener del 2004 va marxar cedit a l'Albacete, on hi va jugar fins final de temporada. En la campanya 2004-2005, la de tornada al FC Barcelona, va disputar un total de 23 partits, proclamant-se campió de Lliga. Posteriorment va jugar al Mallorca, Sevilla i Deportivo, on es va retirar el 2018.

Palmarès:

1 Lliga (2004-2005)

1 Eurocopa amb la selecció espanyola (2008)

2 Europa League amb el Sevilla (2013-2014 i 2014-2015)

Internacional amb Espanya en 2 partits