Migcampista basc que va destacar al València, equip en el que va jugar durant vuit temporades, i on va demostrar les seves habilitats per controlar el mig del camp i per a la construcció del joc ofensiu. Va arribar al Barça cedit per la Lazio i va fer una temporada molt regular, mostrant la seva tècnica i fortalesa física. En acabar el campionat va marxar al Middlesbrough anglès.

La seva gran actuació defensant l’escut del València durant vuit temporades -amb qui, entre d’altres èxits, va arribar a dues final de la Lliga de Campions- el va dur a fitxar per un dels grans del continent d’aleshores, com era la Lazio italiana. Al cap d’un any va incorporar-se com a cedit al Barça. Va ser un any difícil a nivell esportiu, amb tres entrenadors diferents: Louis Van Gaal, Toño De La Cruz i Radomir Antic. L’equip va poder entrar a Europa pels pèls quedant sisè classificat a la Lliga. Mendieta, que es va erigir com un dels fixes als onzes d’aquell Barça, va debutar ja en el primer partit oficial aquella temporada. Va ser en l’anada de la fase prèvia de la Champions contra el Wisla de Cracòvia, amb un clar 3 a 0 pels blaugrana. El Camp Nou també va ser testimoni del seu darrer partit amb el Barça. Els de Radomir Antic van derrotar en l’última jornada al Celta de Vigo per 2 a 0. Va tornar a Roma per jugar amb la Lazio, però sense desfer la maleta va marxar al Middlesbrough, on hi va jugar cinc temporades abans de retirar-se el 2008.

Internacional amb la selecció espanyola en 40 partits